相对于传统的液液萃取法和蛋白沉淀法，固相萃取具有无可比拟的优势：
| 净化方法 | 优点 | 缺点 |
| LLE (液液萃取) |
无需特殊装置和材料 | 1.操作繁琐，费时 2.需要耗费大量的有机溶剂，导致高成本和对环境的污染 3.难以从水中提取高水溶性物质 |
| PPT (蛋白沉淀) |
操作简单，无需特殊装置 | 1.非特异性的沉淀反应可能使微量的分析物随着基质蛋白质共同沉淀而损失 2.净化效果较弱，检测灵敏度和可靠性低 |
| SPE (固相萃取) |
1.集样品富集及净化与一身，提高检测灵敏度的方法 2.比液液萃取更快，节省溶剂 3.可自动化批量处理 4.重现性好 |
1.使用进口固相萃取小柱的成本较高 2.需要专业人员协助方法开发 |
